Os índices são diferentes porque captam variações diferentes, que, por sua vez, servem para decisões diferentes.
O IGP-M concentra-se mais em preços do atacado, por isso é mais usado no reajuste de contratos de fornecimento (aluguel, de certo modo, é um tipo de fornecimento, pelo menos no âmbito comercial e industrial).
O IPCA foca nos preços de varejo, é maior e varia menos, por isso é utilizado nas decisões de governo, pois, em tese, foge menos da inflação "real".
Portanto, apenas o segundo tem o objetivo de captar a inflação do "consumidor médio"; o primeiro tem mais peso nos preços de atacado.
A rigor, numa economia de mercado, os índices deveriam ter apenas valor informacional, para políticas públicas e planejamento. Os preços de mercado deveriam ser acertados caso a caso conforme as condições de negociação entre as partes.
Mas, além disso ser um tanto utópico, o Brasil ainda tem um forte resíduo de indexação que vem da época da inflação. Esse negócio do IGP-M no aluguel é um exemplo.
A mentalidade "indexada" também fica clara, quando as pessoas reclamam de reajustes acima da inflação... Basta olhar nos diversos tópicos sobre preços de putaria aqui em SP...
Esse são bastante instrutivos (não ponho minha mão no fogo pela Wiki):
http://www1.folha.uol.com.br/mercado/46 ... acao.shtml
http://pt.wikipedia.org/wiki/%C3%8Dndic ... _do_Brasil